Будни директора: как бороться с опозданиями

На данный момент у нас функционирует следующая "на-коленке-сделанная система":

1. Рабочий день - с 9.00 до 17.30 (года 2 назад уменьшили день на 30 минут. Хотели и дальше идти по пути уменьшения рабочего дня, но текущая эффективность труда не позволяет).

2. Каждый, кто приходит на работу, фиксирует время своего прихода. Если приход позже, чем 9.15, то отмечается красной ручкой, т.е. обозначает свое опоздание. 9.16 - 10.15 - опоздание на 1ч, 10.16-11.15 - 2 часа и т.д.
Часы подбиваются в конце месяца и за это полагается штраф х кол-во часов.

3. Если необходимо остаться и доделать работу, то такая работа оплачивается по повышенной ставке (+25%). Переработкой считается, если сотрудник задерживается на 2 часа и более, либо выходит в выходной/праздник.
Чтобы не случилось ситуации, когда сотрудник приходит к 11, а затем работает до 19.30 имея профит, в конце месяца из опозданий вычитаются переработки и оставшаяся переработка идет по повышенной ставке.

4. К сожалению, все равно есть люди-совы, которые не могут оперативно выйти из дома сутра (к которым и сам отношусь) и т.д. 
Часть сотрудников комфортно существует в текущей системе, а часть не может туда вписаться, собирает штрафы и демотивацию. Поэтому я придумал еще 2 варианта для посещаемости:

А. Сотрудник приходит к 9, 10, 11 часам, как успевает. И работает до 18, 19, 20. Здесь сокращенный день не действует, чтобы не стимулировать всю контору переходить на этот режим. Опозданием считается, если уходишь раньше, либо приходишь позже 11.15.
Мы с еще одним соучредителем работаем в таком режиме с повышенными штрафами. Проблема с опозданиями решена, но тяжеловато вырабатывать все свои 176 часов (а часто - больше) в месяц.

Б. Последний вариант работы, самый примитивный - оплата по часам. Сколько пришел и отработал - столько получил. Пока на нем один сотрудник и хочу его оттуда переводить, т.к. выработка маленькая, получит он меньше, чем обычно, а специалист очень крутой.

Вот такая у нас система посещаемости. Есть проблемы (нечастые) с ребятами, которые сказываются больными, а у меня есть подозрение, что они вымораживаются (хотя могли бы потратить отпускной, и проблем не было бы). В итоге мы оплачиваем и оклад, и отпуск, а человека нет. Логичное решение - ввести болезни по справке, но никто ведь не ходит с простудой по врачам, да и в атмосферу нашего коллектива такое не вписывается.